Darmowy konwerter online VSI do OME.TIFF

Czym jest format VSI

VSI to zastrzeżony format wirtualnych slajdów używany przez skanery Olympus z serii VS oraz oprogramowanie Olympus cellSens. Zestaw danych VSI może zawierać kafelkowane, wielorozdzielcze obrazy mikroskopowe, wiele kanałów, wiele płaszczyzn ogniskowania oraz metadane akwizycji. Zwykle występuje wraz z folderem zawierającym dane obrazu, dlatego przed konwersją należy skopiować cały oryginalny zestaw danych; przeniesienie tylko pliku .vsi może spowodować, że slajd stanie się nieczytelny.

Czym jest format OME-TIFF

OME-TIFF to oparty na TIFF format mikroskopowy, który przechowuje piksele wraz z metadanymi OME-XML opisującymi wymiary, kanały, płaszczyzny, fizyczne rozmiary pikseli oraz powiązane informacje o akwizycji. Jest obsługiwany przez Fiji, Bio-Formats, QuPath, napari z odpowiednimi wtyczkami oraz wiele naukowych bibliotek do przetwarzania obrazów.

OME-TIFF jest preferowany, gdy oprogramowanie nie potrafi odczytać VSI, gdy zestawy danych muszą być wymieniane między aplikacjami do mikroskopii lub gdy metadane muszą pozostać w udokumentowanej strukturze. Może używać bezstratnej kompresji, takiej jak LZW, i może być zapisywany jako BigTIFF, gdy plik wyjściowy przekracza limit rozmiaru klasycznego TIFF.

Jak przekonwertować VSI na OME-TIFF

Korzystanie z Bio-Formats

Bio-Formats to najbardziej bezpośrednia opcja dla środowiska desktopowego i wiersza poleceń, ponieważ zawiera czytnik VSI oraz zapisujący OME-TIFF.

1. Zainstaluj Fiji, które zawiera Bio-Formats, lub pobierz narzędzia Bio-Formats wiersza poleceń.
2. Przechowuj plik .vsi i powiązany z nim folder danych razem.
3. Aby przeprowadzić konwersję z wiersza poleceń, uruchom:

bfconvert -compression LZW -overwrite input.vsi output.ome.tiff

W przypadku bardzo dużego wyniku użyj BigTIFF:

bfconvert -bigtiff -compression LZW -overwrite input.vsi output.ome.tiff

Jeśli VSI zawiera kilka serii obrazów, najpierw sprawdź listę serii i przekonwertuj wymagane serie osobno. W przeciwnym razie Bio-Formats może zapisać wiele serii lub utworzyć nazwy plików wyjściowych na podstawie serii źródłowych. Typowe polecenie dla określonej serii to:

bfconvert -series 0 -compression LZW -overwrite input.vsi output-series-0.ome.tiff

Dokładny zestaw dostępnych opcji zależy od wersji Bio-Formats; uruchom bfconvert -help, aby je zweryfikować.

Korzystanie z Fiji

1. Otwórz zestaw danych za pomocą Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer.
2. Wybierz plik VSI i zachowaj oryginalne wymiary, kanały oraz serie w opcjach importera.
3. Wyeksportuj otwarty obraz za pomocą File → Save As → OME-TIFF lub użyj eksportera Bio-Formats, jeśli jest dostępny.
4. Wybierz kompresję LZW na potrzeby bezstratnego przechowywania i wybierz BigTIFF, jeśli szacowany plik wyjściowy będzie większy niż 4 GB.

W przypadku obrazu całego slajdu sprawdź, czy wybrany eksporter zachowuje wielorozdzielczą piramidę. Jeśli eksportuje tylko aktualnie otwartą rozdzielczość, wynik będzie prawidłowym plikiem OME-TIFF, ale nie będzie równoważnym slajdem piramidalnym.

Konwersja bez zainstalowanego oprogramowania

Możesz bezpłatnie przekonwertować plik na stronie 101convert.com bez instalowania oprogramowania, pod warunkiem że usługa akceptuje zestaw danych VSI i jego powiązane pliki. Prześlij cały zestaw danych, gdy konwerter poprosi o pliki towarzyszące, i sprawdź, czy wynikowy OME-TIFF zawiera wymagane serie oraz metadane.

Jakość, zgodność i ograniczenia

Kompresja LZW jest bezstratna, dzięki czemu zachowuje wartości pikseli, jednocześnie zmniejszając rozmiar; kompresja JPEG może wprowadzać artefakty i nie nadaje się do sytuacji, w których pomiary ilościowe zależą od oryginalnych pikseli. Konwersja nie może przywrócić informacji, których nie obsługuje czytnik VSI lub eksporter, a niektóre adnotacje specyficzne dla Olympus, dane dotyczące stolika, szczegóły piramidy lub zastrzeżone metadane mogą nie zostać odwzorowane w OME-XML.

Sprawdź wynik w Fiji lub Bio-Formats, porównując szerokość, wysokość, liczbę kanałów, głębokość z, punkty czasowe, typ pikseli oraz fizyczny rozmiar pikseli ze źródłem. Przetestuj również plik w docelowej aplikacji: zgodny ze standardem OME-TIFF może zawierać prawidłowe metadane, ale nie mieć układu piramidalnego ani adnotacji specyficznych dla producenta wymaganych przez daną przeglądarkę obrazów całych slajdów.