Darmowy konwerter online VSI do PNG

Oprogramowanie do mikroskopów Olympus przechowuje obrazy całych preparatów w formacie VSI, podczas gdy wiele edytorów obrazów, przeglądarek i systemów dokumentacji akceptuje format PNG. Konwersja pliku tworzy przenośny obraz rastrowy do udostępniania, dodawania adnotacji, użycia w Internecie lub podstawowej edycji, ale może przedstawiać tylko jeden wybrany widok preparatu, a nie kompletny wielorozdzielczy zestaw danych.

Czym jest format VSI

VSI zazwyczaj oznacza Virtual Slide Image — zastrzeżony format mikroskopowych obrazów całych preparatów, utworzony przez oprogramowanie Olympus, takie jak cellSens, i otwierany za pomocą OlyVIA. Przechowuje obrazy mikroskopowe w wielu rozdzielczościach, często jako dane podzielone na kafelki, wraz z metadanymi akwizycji.

Zestaw danych VSI może zawierać powiązane pliki .ets zawierające dane obrazu. Plik .vsi i jego pliki towarzyszące należy przechowywać w tym samym folderze; otwarcie tylko pliku VSI może spowodować wyświetlenie niepełnego obrazu lub błędu dotyczącego brakującej serii. Jeśli rozszerzenie pochodzi z oprogramowania innego niż aplikacje Olympus do mikroskopii, należy najpierw ustalić jego źródło, ponieważ VSI nie jest uniwersalnym formatem przeznaczonym do jednego zastosowania.

Czym jest format PNG

PNG to bezstratny, szeroko obsługiwany format rastrowy. Zachowuje wartości pikseli bez strat generacyjnych związanych z JPEG i obsługuje przezroczystość, dzięki czemu nadaje się do rycin, zrzutów ekranu, adnotacji na preparatach, prezentacji i stron internetowych.

PNG nie zachowuje struktury zestawu danych VSI, metadanych mikroskopowych, poziomów ogniskowania ani piramidy rozdzielczości. Przekonwertowany plik PNG jest zazwyczaj jednym zrasteryzowanym planem obrazu lub jednym wybranym polem widzenia.

Jak przekonwertować VSI do PNG

Korzystanie z Fiji i Bio-Formats

1. Zainstaluj Fiji, które zawiera importer Bio-Formats, i zachowaj wszystkie pliki należące do zestawu danych VSI w jednym folderze.
2. Uruchom Fiji i wybierz File → Open, a następnie wybierz plik .vsi. Jeśli Fiji zapyta o użycie Bio-Formats, zaakceptuj je.
3. W oknie Bio-Formats Import Options wybierz wymaganą serię. W przypadku pliku całego preparatu wybierz żądany poziom rozdzielczości lub region zamiast wczytywania preparatu w maksymalnej rozdzielczości, jeśli pamięć komputera jest ograniczona.
4. Aby wyeksportować cały obraz lub wybrany obszar, użyj narzędzi Fiji do przycinania lub zaznaczania regionu. Zmień tryb wyświetlania na RGB za pomocą Image → Type → RGB Color, gdy wynik ma być standardowym kolorowym plikiem PNG.
5. Wybierz File → Save As → PNG i zapisz wynik z rozszerzeniem .png.

Eksport PNG z Fiji zazwyczaj zapisuje aktywny plan obrazu. Jeśli import otworzył stos, wyeksportuj wymaganą warstwę lub użyj procedury z sekwencją obrazów dla wielu planów; nie należy oczekiwać, że jeden plik PNG będzie zawierał oryginalny stos VSI.

Korzystanie z oprogramowania Olympus

Otwórz zestaw danych w OlyVIA lub cellSens, wybierz wymaganą skalę powiększenia i region, a następnie użyj polecenia eksportu obrazu w aplikacji, zwykle dostępnego w menu File → Export lub File → Save As. Wybierz PNG i ustaw wymiary lub rozdzielczość eksportu przed zapisaniem. Nazwy menu różnią się w zależności od wersji produktów Olympus.

Konwersja online

Plik można bezpłatnie przekonwertować w witrynie 101convert.com bez instalowania oprogramowania. Po przesłaniu pełnego zestawu danych VSI należy dostarczyć powiązane pliki, jeśli konwerter o nie poprosi; samodzielny plik .vsi może nie zawierać wszystkich pikseli obrazu. Konwersja online nie jest odpowiednia dla poufnych danych pacjentów ani danych badawczych, chyba że zasady przetwarzania danych obowiązujące w witrynie spełniają wymagania użytkownika.

Ograniczenia jakości i zgodności

Rozdzielczość wyjściową należy wybrać świadomie. Eksport podglądu w niskiej rozdzielczości tworzy mały plik PNG, ale usuwa drobne szczegóły komórkowe; eksport preparatu w pełnej rozdzielczości może utworzyć bardzo duży obraz przekraczający limity PNG, przeglądarki lub aplikacji.

PNG obsługuje 8-bitowe i 16-bitowe dane w skali szarości oraz dane RGB, ale zwykłe przeglądarki mogą nieprawidłowo wyświetlać obrazy 16-bitowe lub redukować je do 8 bitów. W przypadku standardowych kolorowych rycin najbardziej zgodnym wyborem jest PNG RGB. Oryginalne pliki VSI należy zachować, jeśli istotne są metadane, kalibracja, stosy z, wiele płaszczyzn ogniskowania lub możliwość późniejszego ponownego przetwarzania.