Darmowy konwerter online VSI do TIFF

Czym jest format VSI

VSI to własnościowy format wirtualnych preparatów używany przez skanery mikroskopowe Olympus, obecnie Evident, takie jak VS-120. OlyVIA i powiązane oprogramowanie do obrazowania firmy Olympus tworzą i otwierają pliki VSI na potrzeby mikroskopii całych preparatów.

Zestaw danych VSI zwykle zawiera główny plik .vsi oraz powiązane foldery lub pliki zawierające kafelki obrazu, wiele rozdzielczości, kanały, płaszczyzny ostrości i metadane mikroskopu. Obraz jest zazwyczaj przechowywany jako kafelkowa piramida o wielu rozdzielczościach, a nie jako pojedyncza zwykła mapa bitowa. Pliki VSI można spotkać w laboratoriach patologicznych, archiwach badawczych oraz w zestawach danych eksportowanych ze skanerów preparatów Olympus.

Czym jest format TIFF

TIFF to szeroko obsługiwany format obrazów rastrowych używany przez ImageJ, Photoshop, oprogramowanie do obrazowania naukowego, aplikacje DTP i archiwa cyfrowe. Obsługuje kompresję bezstratną, dużą głębię bitową, wiele kanałów i duże obrazy; BigTIFF jest wymagany, gdy dane wyjściowe przekraczają klasyczny limit rozmiaru TIFF wynoszący około 4 GB.

TIFF jest odpowiedni, gdy potrzebujesz wybranego pola mikroskopowego do analizy, spłaszczonego obrazu do edycji lub szeroko kompatybilnej kopii archiwalnej. Zwykły TIFF nie zachowuje automatycznie wszystkich cech wirtualnego preparatu VSI, takich jak kompletna piramida, adnotacje skanera, własnościowe metadane ani wszystkie serie ogniskowania i kanałów.

Jak faktycznie przekonwertować VSI na TIFF

Korzystanie z Fiji i Bio-Formats

1. Zainstaluj Fiji, które zawiera importer Bio-Formats. Zachowaj oryginalny plik .vsi oraz wszystkie dostarczone wraz z nim foldery w tym samym układzie względnym.
2. Otwórz plik za pomocą File → Open lub użyj Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer, a następnie wybierz plik .vsi.
3. W oknie importu wybierz wymaganą serię obrazów. Preparat może udostępniać kilka serii dla różnych rozdzielczości, kanałów lub płaszczyzn ostrości.
4. Wybierz, czy chcesz otworzyć obraz w pełnej rozdzielczości, czy serię o niższej rozdzielczości. W przypadku bardzo dużych preparatów użyj obszaru zainteresowania lub serii o zmniejszonej rozdzielczości zamiast wczytywać cały preparat do pamięci.
5. Zapisz wybrany obraz za pomocą File → Save As → TIFF. Jeśli obraz jest większy niż 4 GB, włącz BigTIFF, gdy używana wersja Fiji/ImageJ udostępnia taką opcję, lub wyeksportuj mniejsze obszary.

Korzystanie z wiersza poleceń Bio-Formats

Bio-Formats zawiera narzędzie bfconvert, które może odczytywać wiele zestawów danych VSI i zapisywać dane wyjściowe w formacie TIFF:

bfconvert input.vsi output.tif

Gdy VSI zawiera wiele serii, najpierw sprawdź zestaw danych za pomocą Bio-Formats lub Fiji, a następnie konwertuj wymaganą serię oddzielnie. Użyj opcji wyjścia BigTIFF obsługiwanej przez zainstalowaną wersję Bio-Formats, gdy przewidywany rozmiar danych wyjściowych przekracza 4 GB. Zachowaj oryginalny zestaw danych VSI, ponieważ konwersja może spłaszczyć wymiary lub pominąć metadane specyficzne dla producenta.

Korzystanie z konwertera online

Możesz bezpłatnie przekonwertować plik w serwisie 101convert.com bez instalowania oprogramowania. Prześlij plik VSI, wybierz TIFF jako format wyjściowy, rozpocznij konwersję i pobierz wynik. Jeśli VSI odwołuje się do danych pomocniczych, zachowaj te pliki w dostępnej lokalizacji i użyj Bio-Formats na komputerze, jeśli konwerter w przeglądarce nie może odtworzyć kompletnego preparatu.

Jakość, kompatybilność i ograniczenia

• Wybierz bezstratną kompresję TIFF, taką jak LZW lub Deflate, gdy ważne jest zachowanie wartości pikseli. Kompresja JPEG może wprowadzać artefakty i nie nadaje się do ilościowej mikroskopii.
• Sprawdź typ pikseli w wyeksportowanym pliku. Obraz w skali szarości 16-bitowej lub wielokanałowy VSI nie powinien zostać niezamierzenie przekonwertowany do 8-bitowego, ponieważ zmniejsza to precyzję wartości intensywności.
• Potwierdź skalę fizyczną po eksporcie. Metadane rozmiaru piksela mogą nie zostać zachowane w spłaszczonym pliku TIFF, dlatego w razie potrzeby wykonywania pomiarów przechowuj oddzielnie informacje o pierwotnym powiększeniu i mikrometrach na piksel.
• Wielokanałowy plik VSI lub stos z może zostać wyeksportowany jako oddzielne serie TIFF, strony lub pliki, zależnie od wybranych ustawień Bio-Formats. Sprawdź, czy obecne są wszystkie wymagane kanały i płaszczyzny.
• Duże pliki TIFF całych preparatów mogą przekraczać ograniczenia aplikacji lub systemu plików. Eksportowanie określonego obszaru, wybranie serii o niższej rozdzielczości lub użycie BigTIFF pozwala uniknąć błędów powodowanych przez ograniczenia pamięci lub klasyczny limit rozmiaru TIFF.