Darmowy konwerter online OIB do OME.TIFF

Pliki OIB często wymagają konwersji, gdy oprogramowanie mikroskopowe, potoki analizy obrazów lub repozytoria wymagają bardziej interoperacyjnego formatu OME-TIFF. OME-TIFF zachowuje wielowymiarowe dane mikroskopowe oraz ustandaryzowane metadane do wykorzystania w zgodnych aplikacjach.

Czym jest format OIB

OIB oznacza Olympus Image Binary — zastrzeżony kontener używany przez systemy obrazowania Olympus oraz oprogramowanie, takie jak cellSens i starsze przepływy pracy Fluoview. Może zawierać jedną lub więcej serii obrazów z kanałami, stosami z, punktami czasowymi, pozycjami i metadanymi akwizycji.

Pliki OIB są często spotykane po otrzymaniu danych z mikroskopu Olympus. Niektóre zestawy danych zawierają również towarzyszący katalog OIF lub powiązane pliki; zachowaj kompletny oryginalny zestaw danych do czasu sprawdzenia konwersji.

Czym jest format OME-TIFF

OME-TIFF przechowuje dane obrazu TIFF wraz z metadanymi OME-XML opisującymi wymiary, kanały, fizyczne rozmiary pikseli, punkty czasowe i inne właściwości mikroskopowe. Jest obsługiwany przez aplikacje i biblioteki, w tym Fiji, ImageJ, QuPath, napari, OMERO i Bio-Formats.

Użyj OME-TIFF, gdy aplikacja odbierająca wymaga otwartego formatu mikroskopowego, gdy dane muszą zostać zdeponowane w repozytorium obrazów lub gdy przepływ pracy przetwarzania wymaga ustandaryzowanych metadanych. Nie jest on automatycznie mniejszy niż OIB; kompresja i typ pikseli określają wynikowy rozmiar.

Jak przekonwertować OIB do OME-TIFF

Za pomocą narzędzi wiersza poleceń Bio-Formats

Bio-Formats to najbardziej bezpośrednia opcja zachowania wymiarów OIB i metadanych mikroskopowych. Zainstaluj narzędzia wiersza poleceń Bio-Formats, a następnie uruchom:

bfconvert -overwrite input.oib output.ome.tiff

Zastąp input.oib nazwą pliku źródłowego, a output.ome.tiff nazwą pliku docelowego. Rozszerzenie .ome.tiff wybiera wyjście OME-TIFF.

W przypadku dużego zestawu danych zażądaj wyjścia BigTIFF:

bfconvert -overwrite -bigtiff input.oib output.ome.tiff

Aby przekonwertować tylko jedną serię z wieloseryjnego pliku OIB, określ jej indeks liczony od zera:

bfconvert -overwrite -series 0 input.oib series-0.ome.tiff

Sprawdź dziennik Bio-Formats lub otwórz wynik w Fiji, aby zweryfikować, czy wyeksportowano oczekiwane serie, kanały, przekroje z i punkty czasowe. Jeśli dane wejściowe zawierają kilka serii, przekonwertuj każdą wymaganą serię osobno, gdy aplikacja docelowa nie obsługuje niezawodnie wieloseryjnych plików OME-TIFF.

Za pomocą Fiji

W Fiji otwórz plik przez File → Import → Bio-Formats, wybierz wymaganą serię i ustawienia wymiarów, a następnie wyeksportuj plik za pomocą eksportera Bio-Formats lub zapisz go, korzystając z opcji zgodnej z OME-TIFF. Unikaj otwierania pliku jako zwykłego obrazu 2D, jeśli wymiary z, kanału lub czasu muszą zostać zachowane.

Konwersja online

Możesz również skorzystać z bezpłatnego konwertera na stronie 101convert.com bez instalowania oprogramowania. Prześlij plik OIB, wybierz OME.TIFF jako format wyjściowy, rozpocznij konwersję i pobierz wynik po zakończeniu przetwarzania.

Jakość, zgodność i ograniczenia

Zachowaj oryginalny plik OIB, ponieważ niektóre szczegóły akwizycji specyficzne dla Olympus, adnotacje, obiektywy lub zastrzeżone ustawienia mogą nie mieć bezpośrednich odpowiedników w OME-XML. Bio-Formats zazwyczaj przenosi standardowe wymiary i metadane, ale konwersja nie gwarantuje zachowania każdego pola specyficznego dla producenta.

Sprawdź wynik pod kątem kolejności kanałów, odstępów z, interwałów czasowych, kalibracji pikseli, głębi bitowej i orientacji obrazu. Nie wybieraj konwersji do 8-bitów, chyba że wymaga tego przepływ pracy odbierający; zmniejszenie obrazu 12-bitowego, 16-bitowego lub zmiennoprzecinkowego może spowodować utratę informacji o intensywności. Kompresja bezstratna jest preferowana w analizie ilościowej, natomiast należy unikać stratnej kompresji JPEG.

Bardzo duże pliki OME-TIFF mogą wymagać obsługi BigTIFF w przeglądarce. Niektóre programy obsługują wyłącznie jedno-seryjny lub jednoplikowy OME-TIFF, dlatego wieloseryjny plik OIB może wymagać osobnych plików wyjściowych.