Darmowy konwerter online CZI do OME.TIFF

Czym jest format CZI

CZI to kontener Zeiss Carl Zeiss Image używany przez ZEISS ZEN i powiązane systemy mikroskopowe. Może przechowywać akwizycje wielokanałowe, z-stacki, rejestracje poklatkowe, obrazy kafelkowe, obrazy składane oraz obrazy o dużej głębi bitowej, wraz z metadanymi dotyczącymi kalibracji, obiektywu, kanałów i akwizycji. Z plikami tego typu zwykle można się spotkać po zebraniu danych na mikroskopach ZEISS lub otrzymaniu zbiorów danych z laboratorium korzystającego z ZEN.

Czym jest format OME-TIFF

OME-TIFF to obraz TIFF z dołączonymi metadanymi OME-XML opisującymi wymiary, takie jak X, Y, Z, kanały, punkty czasowe i serie obrazów. Jest przeznaczony do zapewnienia interoperacyjności z Fiji, Bio-Formats, OMERO, napari, QuPath i innym oprogramowaniem do obrazowania naukowego.

OME-TIFF jest przydatny, gdy aplikacja nie może otworzyć pliku CZI, gdy metadane muszą być zgodne z otwartą specyfikacją lub gdy pipeline analityczny oczekuje danych wejściowych w formacie TIFF. Może bardziej niezawodnie zachowywać dane wielostronicowe i wielowymiarowe niż eksport pojedynczych zrzutów ekranu obrazu, jednak dokładny zakres zachowanych metadanych zależy od programu odczytującego i zapisującego.

Jak przekonwertować CZI do OME-TIFF

Korzystanie z Fiji i Bio-Formats

1. Zainstaluj Fiji, które zawiera importer i eksporter Bio-Formats.
2. Otwórz źródło za pomocą File → Open i wybierz plik .czi.
3. W oknie dialogowym Bio-Formats Import Options zachowaj oryginalną strukturę wielowymiarową, jeśli jest to wymagane. Włącz opcję View stack with ImageJ lub otwórz obraz jako hyperstack; unikaj konwersji do pojedynczej płaszczyzny 8-bitowej, jeśli głębia bitowa obrazu źródłowego ma znaczenie.
4. Użyj opcji Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Exporter.
5. Wybierz OME-TIFF jako format wyjściowy, wybierz wymagane serie, ustaw kompresję bezstratną, taką jak LZW, jeśli jest dostępna, i zapisz plik pod nazwą taką jak sample.ome.tiff.
6. Otwórz ponownie wynik w Fiji i sprawdź liczbę kanałów, przekroje Z, punkty czasowe, typ pikseli oraz fizyczne rozmiary pikseli przed użyciem pliku do analizy.

Korzystanie z wiersza poleceń Bio-Formats

Narzędzie wiersza poleceń Bio-Formats bfconvert nadaje się do powtarzalnych konwersji i przetwarzania wsadowego. Podstawowa konwersja wygląda następująco:

bfconvert input.czi output.ome.tiff

Aby przekonwertować tylko pierwszą serię obrazów i użyć bezstratnej kompresji LZW, użyj:

bfconvert -series 0 -compression LZW input.czi output.ome.tiff

Ścieżki zawierające spacje należy umieszczać w cudzysłowie. W przypadku plików zawierających kilka serii przeanalizuj każdą serię i konwertuj wymagane serie, zamiast zakładać, że pierwsza seria zawiera cały eksperyment. Dokładne opcje wiersza poleceń zależą od zainstalowanej wersji Bio-Formats; uruchom bfconvert -help, aby je wyświetlić.

Korzystanie z 101convert.com

Możesz również bezpłatnie przekonwertować plik na stronie 101convert.com, bez instalowania oprogramowania. Ta opcja jest wygodna w przypadku pojedynczego pliku, jednak po pobraniu sprawdź wymiary wyjściowe, metadane i rozmiar pliku, szczególnie w przypadku dużych zbiorów danych mikroskopowych lub plików zawierających wrażliwe dane badawcze.

Jakość, zgodność i ograniczenia

Wybierz kompresję bezstratną, taką jak LZW, lub zapis bez kompresji, gdy wartości pikseli muszą pozostać niezmienione. Kompresja JPEG może zmieniać wyniki pomiarów ilościowych i nie powinna być używana w przypadku analitycznych danych mikroskopowych.

Plik CZI może zawierać zastrzeżone szczegóły akwizycji, pozycje stolika, ustawienia instrumentu, adnotacje, miniatury, załączniki lub kilka powiązanych serii. OME-TIFF zwykle zachowuje płaszczyzny obrazu i standardowe metadane OME, ale może nie zachować każdego pola specyficznego dla Zeiss. Zachowaj oryginalny plik CZI jako główny plik archiwalny.

Duże zbiory danych mogą przekraczać limity klasycznego formatu TIFF lub tworzyć bardzo duże pliki wyjściowe. Użyj wersji Bio-Formats obsługującej BigTIFF, gdy rozmiar pliku wyjściowego przekracza 4 GB, i potwierdź, że aplikacja odbierająca obsługuje BigTIFF oraz wybrany układ OME-TIFF. Nie spłaszczaj kanałów, przekrojów Z ani punktów czasowych, chyba że program docelowy wymaga obrazu dwuwymiarowego.