Darmowy konwerter online NDPI do OME.TIFF

Czym jest format NDPI

NDPI to zastrzeżony format obrazów całych preparatów firmy Hamamatsu. Skanery Hamamatsu NanoZoomer tworzą pliki NDPI podczas digitalizacji preparatów patologicznych, często wraz z powiązanymi plikami indeksu lub metadanych. Można je spotkać w programach Hamamatsu NDP.view2, NDP.view, QuPath, Fiji oraz innych aplikacjach korzystających z czytników Bio-Formats lub OpenSlide.

Plik NDPI może zawierać bardzo duży obraz w pełnej rozdzielczości, poziomy podglądu o zmniejszonej rozdzielczości, wiele serii obrazów, a czasami także kilka płaszczyzn ogniskowania. Jego wewnętrzne metadane i struktura piramidy są specyficzne dla dostawcy, dlatego programy TIFF ogólnego przeznaczenia mogą nie otwierać go poprawnie.

Czym jest format OME-TIFF

OME-TIFF to format oparty na TIFF, zdefiniowany przez Open Microscopy Environment. Przechowuje dane obrazu w katalogach TIFF, a w metadanych OME-XML opisuje wymiary, kanały, rozmiary pikseli, płaszczyzny i powiązane informacje.

W przypadku obrazów całych preparatów OME-TIFF może zawierać kafelkowane, piramidalne poziomy rozdzielczości. Dzięki temu kompatybilne przeglądarki mogą najpierw wyświetlić niewielki podgląd, a następnie wczytywać tylko kafelki w wysokiej rozdzielczości wymagane do nawigacji. Format ten jest obsługiwany przez Bio-Formats, Fiji, QuPath, napari z odpowiednimi wtyczkami oraz wiele procesów pracy z obrazami mikroskopowymi.

OME-TIFF jest przydatny, gdy oprogramowanie wymaga udokumentowanego, interoperacyjnego formatu zamiast pliku specyficznego dla skanera. Nie zmniejsza on automatycznie obrazu; rozmiar wynikowy zależy od danych źródłowych, ustawień kafelków, poziomów piramidy i kompresji.

Jak przekonwertować NDPI do OME-TIFF

Korzystanie z Bio-Formats bfconvert

Bio-Formats to najbardziej praktyczna opcja desktopowa działająca z wiersza poleceń, umożliwiająca zachowanie metadanych mikroskopowych i obsługę bardzo dużych obrazów. Zainstaluj pakiet Bio-Formats z Open Microscopy Environment, a następnie uruchom bfconvert w terminalu.

1. Umieść plik NDPI w folderze z wystarczającą ilością wolnego miejsca na dane wyjściowe. Plik OME-TIFF całego preparatu może mieć kilka gigabajtów.
2. Przekonwertuj wybraną serię obrazów do kafelkowanego formatu TIFF bezstratnego:

bfconvert -overwrite -bigtiff -compression LZW input.ndpi output.ome.tiff

-bigtiff jest odpowiednią opcją dla plików, które mogą przekroczyć limit około 4 GB klasycznego formatu TIFF. LZW jest kompresją bezstratną; użyj JPEG tylko wtedy, gdy mniejszy rozmiar pliku jest ważniejszy niż zachowanie każdego piksela źródłowego.

Jeśli plik NDPI zawiera wiele serii, sprawdź listę serii Bio-Formats i przekonwertuj wymaganą serię za pomocą opcji serii, takiej jak:

bfconvert -overwrite -series 0 -bigtiff -compression LZW input.ndpi output.ome.tiff

Aby utworzyć piramidalny plik wynikowy całego preparatu, użyj bieżącej wersji Bio-Formats obsługującej zapis piramid:

bfconvert -overwrite -bigtiff -compression LZW -pyramid-resolutions 5 -pyramid-scale 2 input.ndpi output.ome.tiff

Spowoduje to utworzenie pięciu poziomów rozdzielczości, przy czym między kolejnymi poziomami następuje dwukrotne zmniejszenie. Dostosuj liczbę poziomów i skalę do docelowej przeglądarki; bardzo duże preparaty zazwyczaj korzystają z kafelkowanych piramid. Uruchom bfconvert bez argumentów lub zapoznaj się z pomocą zainstalowanej wersji, ponieważ dostępne opcje piramid mogą różnić się w poszczególnych wydaniach Bio-Formats.

Korzystanie z 101convert.com

Możesz także bezpłatnie przekonwertować plik na stronie 101convert.com, bez instalowania oprogramowania. Prześlij plik NDPI, wybierz OME-TIFF jako format wyjściowy, rozpocznij konwersję i pobierz wynik. W przypadku preparatów klinicznych lub nieopublikowanych preparatów badawczych przed przesłaniem pliku sprawdź zasady dotyczące przetwarzania i przechowywania danych przez usługę; w przypadku dużych plików całych preparatów metoda desktopowa jest zazwyczaj bardziej praktyczna.

Jakość, zgodność i ograniczenia

• Konwersja nie może odzyskać szczegółów utraconych, gdy skaner zapisał źródło z użyciem kompresji JPEG. Wybranie LZW zachowuje piksele dostarczone przez czytnik NDPI, ale nie przywraca odrzuconych informacji.
• Bio-Formats przenosi metadane, które potrafi zinterpretować, w tym wiele wymiarów i fizyczne rozmiary pikseli, ale zastrzeżone pola skanera, adnotacje, dane kodów kreskowych i regiony specyficzne dla aplikacji mogą nie zostać w pełni odwzorowane w OME-XML.
• Sprawdź plik wynikowy w przeglądarce całych preparatów, takiej jak QuPath lub Fiji z Bio-Formats. Potwierdź, że podgląd, widok w pełnej rozdzielczości, orientacja, wymiary pikseli i skala fizyczna są prawidłowe.
• Zwykły plik OME-TIFF bez piramidy może otwierać się w oprogramowaniu mikroskopowym, ale działać nieprawidłowo w przeglądarkach całych preparatów. Jeśli nawigacja jest powolna lub aplikacja zgłasza brak poziomów rozdzielczości, ponownie wygeneruj kafelkowany plik piramidalny.
• Zachowaj oryginalny plik NDPI jako źródło archiwalne. OME-TIFF jest kopią interoperacyjną i może pomijać metadane specyficzne dla skanera lub dodatkowe serie NDPI.