Darmowy konwerter online LIF do OME.TIFF

Oprogramowanie i instrumenty do mikroskopii Leica często zapisują wielowymiarowe akwizycje obrazów jako LIF, podczas gdy wiele narzędzi do analizy, archiwizacji i interoperacyjności oczekuje formatu OME-TIFF. Konwersja pliku zachowuje płaszczyzny obrazu oraz, gdy importer to obsługuje, metadane mikroskopowe w szeroko obsługiwanym formacie opartym na TIFF.

Czym jest format LIF

LIF to zastrzeżony kontener Leica Microsystems przeznaczony do akwizycji fluorescencyjnych, konfokalnych i innych akwizycji mikroskopowych. Jeden plik może zawierać wiele serii obrazów, kanałów, stosów z, punktów czasowych, scen i metadanych akwizycji. Leica LAS X oraz starsze oprogramowanie do obrazowania Leica tworzą pliki LIF, dlatego są one powszechne, gdy dane są eksportowane bezpośrednio z mikroskopów Leica.

Ponieważ LIF jest formatem zastrzeżonym i może zawierać kilka niezależnych serii, zwykłe przeglądarki obrazów często wyświetlają tylko część danych albo w ogóle nie mogą ich otworzyć.

Czym jest format OME-TIFF

OME-TIFF przechowuje dane obrazów TIFF wraz z metadanymi OME-XML opisującymi takie wymiary jak rozmiar, kanały, głębokość z, punkty czasowe, typ pikseli i kalibrację fizyczną. Jest obsługiwany przez Fiji, ImageJ, Bio-Formats, napari, OMERO, QuPath oraz inne oprogramowanie do obrazowania naukowego.

Użyj OME-TIFF, gdy aplikacja docelowa wymaga otwartego, udokumentowanego formatu mikroskopowego lub gdy zbiór danych musi zachować strukturę wielowymiarową zamiast zostać zredukowany do płaskiego JPEG albo zwykłego TIFF. Duże zbiory danych mogą być zapisywane jako BigTIFF lub jako wieloplikowa sekwencja OME-TIFF.

Jak przekonwertować LIF na OME-TIFF

Używanie Fiji i Bio-Formats

1. Zainstaluj Fiji, które zawiera reader i writer Bio-Formats.
2. Otwórz plik za pomocą File → Open i wybierz sample.lif. W oknie dialogowym Bio-Formats Import Options wybierz wymaganą serię. Włącz Use virtual stack w przypadku zbiorów danych zbyt dużych, aby załadować je do pamięci.
3. W przypadku pojedynczej wybranej serii użyj Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Exporter.
4. Ustaw nazwę pliku wyjściowego na sample.ome.tiff, wybierz kompresję bezstratną, taką jak LZW, lub brak kompresji, a następnie zapisz plik.
5. Powtórz eksport dla każdej serii LIF, jeśli plik zawiera wiele scen lub akwizycji. Sprawdź wyeksportowany plik, otwierając go ponownie za pomocą Bio-Formats i weryfikując kanały, wycinki z, punkty czasowe oraz kalibrację pikseli.

Używanie narzędzi wiersza poleceń Bio-Formats

Zainstaluj narzędzia wiersza poleceń Bio-Formats i uruchom:

bfconvert input.lif output.ome.tiff

Aby przekonwertować jedną serię z wieloseryjnego pliku LIF, określ indeks serii liczony od zera:

bfconvert -series 0 input.lif output.ome.tiff

Aby użyć bezstratnej kompresji LZW, zastosuj:

bfconvert -compression LZW input.lif output.ome.tiff

Sprawdź wygenerowane OME-XML i wymiary za pomocą showinf output.ome.tiff, innego narzędzia wiersza poleceń Bio-Formats. W przypadku sporadycznej konwersji, bez instalowania oprogramowania, można użyć bezpłatnego konwertera dostępnego na stronie 101convert.com.

Jakość, zgodność i ograniczenia

• W przypadku ilościowej mikroskopii wybierz kompresję bezstratną lub brak kompresji; kompresja JPEG może zmieniać wartości intensywności i wprowadzać artefakty.
• Plik LIF może zawierać kilka serii o różnych wymiarach. Eksport tylko aktualnie wybranej serii nie konwertuje pozostałych serii.
• Obsługa metadanych OME-TIFF zależy od readera. Po konwersji zweryfikuj nazwy kanałów, przypisania kolorów, fizyczny rozmiar piksela, odstępy z, interwały czasowe i daty akwizycji.
• Bardzo duże pliki mogą przekraczać limity klasycznego TIFF. Użyj BigTIFF lub opcji wieloplikowego OME-TIFF, jeśli eksporter ją oferuje, i upewnij się, że aplikacja docelowa obsługuje ten wariant.
• Nie używaj zwykłego eksportu obrazów, jeśli wymagane jest zachowanie stosów z, serii czasowych, kanałów lub metadanych mikroskopowych; zamiast tego użyj importu i eksportu Bio-Formats.