Darmowy konwerter online OIF do OME.TIFF

Czym jest format OIF

OIF, czyli Olympus Image Format, to zastrzeżony format używany przez oprogramowanie mikroskopowe Olympus Fluoview i powiązane oprogramowanie cellSens, w tym zestawy danych z systemów konfokalnych, fluorescencyjnych i innych systemów obrazowania. Może zawierać wielowymiarowe dane obrazowe, takie jak kanały, sekcje Z, punkty czasowe i wiele serii, wraz z metadanymi akwizycji.

Zestaw danych OIF często składa się z więcej niż jednego obiektu systemu plików: plik .oif może zależeć od dołączonego katalogu, takiego jak sample.oif.files. Należy przechowywać główny plik i jego dołączony katalog razem oraz wybierać plik .oif, a nie pojedynczy wewnętrzny TIFF. OIB to powiązany format Olympus, który pakuje większą część zestawu danych w jednym pliku.

Czym jest format OME.TIFF

OME-TIFF to format oparty na TIFF, który przechowuje płaszczyzny obrazu wraz z metadanymi OME-XML opisującymi wymiary, kanały, fizyczne rozmiary pikseli, punkty czasowe i powiązane informacje o akwizycji. Jest obsługiwany przez Fiji, ImageJ, napari, QuPath, Bio-Formats i wiele innych narzędzi do obrazowania naukowego.

Używaj OME-TIFF, gdy aplikacja docelowa wymaga udokumentowanego, interoperacyjnego formatu zamiast pamięci masowej specyficznej dla Olympus. Format ten bardziej niezawodnie zachowuje organizację wielowymiarową niż eksportowanie oddzielnych zwykłych obrazów TIFF, chociaż zastrzeżone ustawienia mikroskopu i niektóre metadane producenta mogą nie mieć bezpośrednich odpowiedników w OME.

Jak faktycznie przekonwertować OIF na OME.TIFF

Korzystanie z Fiji i Bio-Formats

1. Zainstaluj Fiji wraz z aktualnymi komponentami Bio-Formats.
2. Skopiuj plik .oif i jego dołączony katalog do lokalnego folderu z uprawnieniami do zapisu.
3. Otwórz plik za pomocą File → Open, wybierz plik OIF i pozwól Bio-Formats odczytać zestaw danych.
4. W oknie dialogowym Bio-Formats Importer zachowaj oryginalne serie i wymiary. Unikaj dzielenia kanałów lub sekcji Z, chyba że program odbierający wymaga oddzielnych plików.
5. Wyeksportuj załadowany obraz za pomocą Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Exporter, wybierz OME-TIFF i zapisz plik pod nazwą taką jak sample.ome.tiff.

Jeśli zestaw danych zawiera kilka serii, eksportuj każdą serię osobno, gdy aplikacja docelowa nie może obsłużyć wielu serii w jednym pliku OME-TIFF. Przed zatwierdzeniem sprawdź opcje importera lub eksportera, ponieważ wybranie tylko bieżącej serii może pominąć inne pozycje akwizycji lub zestawy obrazów.

Korzystanie z Bio-Formats z wiersza poleceń

Bio-Formats udostępnia narzędzie bfconvert do powtarzalnych konwersji. Po zainstalowaniu narzędzi wiersza poleceń Bio-Formats uruchom:

bfconvert -compression LZW sample.oif sample.ome.tiff

LZW to kompresja bezstratna. W przypadku zestawu danych przekraczającego konwencjonalny limit rozmiaru TIFF zażądaj danych wyjściowych BigTIFF, jeśli zainstalowana wersja Bio-Formats obsługuje tę funkcję:

bfconvert -compression LZW -bigtiff sample.oif sample.ome.tiff

Użyj dokładnej ścieżki do pliku OIF, zachowaj jego dołączony katalog i sprawdź dane wyjściowe polecenia pod kątem wykrytych serii i wymiarów. Opcje mogą się nieznacznie różnić między wydaniami Bio-Formats, dlatego uruchom bfconvert -help, jeśli opcja -bigtiff lub inna opcja zostanie odrzucona.

Korzystanie z konwertera online

Możesz bezpłatnie przekonwertować plik w serwisie 101convert.com bez instalowania oprogramowania. Ponieważ zestawy danych OIF mogą zawierać poufne eksperymenty, dołączone pliki lub bardzo duże płaszczyzny obrazu, upewnij się, że usługa akceptuje kompletny zestaw danych oraz że przesłanie go jest zgodne z zasadami dotyczącymi danych obowiązującymi w Twoim laboratorium lub instytucji.

Jakość, zgodność i ograniczenia

• Bezstratna kompresja LZW nie zmienia wartości pikseli; kompresja JPEG lub inna kompresja stratna może wprowadzać artefakty i zasadniczo nie nadaje się do ilościowej mikroskopii.
• Po konwersji sprawdź szerokość, wysokość, głębię bitową, liczbę kanałów, liczbę sekcji Z, punkty czasowe, fizyczny rozmiar piksela i nazwy kanałów. Otwórz wynik w Fiji lub innym czytniku Bio-Formats i porównaj go z oryginałem.
• Ustawienia przeznaczone wyłącznie do wyświetlania, takie jak LUT, zakresy kontrastu, adnotacje, stan interfejsu graficznego mikroskopu i zastrzeżone parametry akwizycji, mogą zostać pominięte lub przedstawione inaczej, nawet jeśli dane pikselowe zostaną zachowane.
• Duże pliki OME-TIFF mogą wymagać obsługi BigTIFF zarówno w eksporterze, jak i aplikacji odbierającej. Niektóre programy lepiej obsługują również zestaw dołączonych plików OME-TIFF niż jeden bardzo duży plik.
• Nie usuwaj oryginalnego zestawu danych OIF, dopóki przekonwertowany plik nie zostanie sprawdzony; OME-TIFF nie gwarantuje pełnej konwersji zwrotnej wszystkich funkcji specyficznych dla Olympus.