Darmowy konwerter online SVS do OME.TIFF

Pliki SVS ze skanerów całych preparatów Aperio mogą nie otwierać się w oprogramowaniu oczekującym modelu danych OME. Konwersja do OME-TIFF ułatwia przetwarzanie preparatu w Fiji, QuPath, OMERO i innych systemach mikroskopowych, zachowując kafelkowe dane obrazu o wielu rozdzielczościach, jeśli jest to obsługiwane.

Czym jest format SVS

SVS to wariant kafelkowego, piramidalnego formatu TIFF firmy Aperio, używany dla preparatów patologicznych w postaci cyfrowej. Skanery Aperio i Leica Biosystems tworzą pliki SVS zawierające obraz tkanki w wysokiej rozdzielczości oraz poziomy piramidy o zmniejszonej rozdzielczości; plik może również zawierać etykietę, obraz makro, miniaturę lub inne powiązane obrazy jako osobne serie TIFF.

Pliki SVS są często spotykane w systemach Aperio ScanScope, skanerach Leica eSlide, oprogramowaniu Aperio ImageScope oraz systemach archiwizacji danych patologicznych. Chociaż SVS jest oparty na formacie TIFF, jego specyficzne dla dostawcy metadane i organizacja obrazów nie są spójnie obsługiwane przez aplikacje ogólnego przeznaczenia do obsługi TIFF.

Czym jest format OME-TIFF

OME-TIFF przechowuje dane obrazu TIFF wraz z metadanymi OME-XML opisującymi wymiary, kanały, fizyczne rozmiary pikseli, płaszczyzny i powiązane informacje o obrazie. Został zaprojektowany z myślą o współpracy z aplikacjami zgodnymi z Bio-Formats, takimi jak Fiji, QuPath, OMERO, oraz wieloma potokami analizy mikroskopowej.

W przypadku obrazowania całych preparatów plik OME-TIFF może zawierać kafelkowe poziomy piramidy, umożliwiając oprogramowaniu wyświetlanie dużego preparatu bez wczytywania do pamięci płaszczyzny w pełnej rozdzielczości. OME-TIFF jest przydatny, gdy aplikacja do patologii lub mikroskopii rozpoznaje metadane OME, ale nie interpretuje poprawnie specyficznych dla Aperio metadanych SVS.

Jak konwertować SVS do OME-TIFF

Korzystanie z narzędzi wiersza poleceń Bio-Formats

bfconvert z Bio-Formats to najbardziej bezpośrednia opcja ogólnego zastosowania, ponieważ odczytuje SVS za pomocą czytnika Bio-Formats i zapisuje OME-TIFF. Zainstaluj pakiet narzędzi Bio-Formats, a następnie uruchom:

bfconvert -overwrite -compression LZW input.svs output.ome.tiff

Zastąp input.svs nazwą pliku źródłowego, a output.ome.tiff nazwą pliku docelowego. LZW jest bezstratny i zapobiega dodawaniu artefaktów JPEG. Aby uzyskać kafelkowy wynik o wielu rozdzielczościach, użyj opcji piramidy obsługiwanych przez zainstalowaną wersję Bio-Formats:

bfconvert -overwrite -compression LZW -tilex 256 -tiley 256 -pyramid-resolutions 5 -pyramid-scale 2 input.svs output.ome.tiff

-tilex i -tiley ustawiają wymiary kafelków. -pyramid-resolutions 5 żąda pięciu poziomów rozdzielczości, a -pyramid-scale 2 sprawia, że każdy poziom ma połowę szerokości i wysokości poprzedniego poziomu. Uruchom bfconvert -help, aby potwierdzić nazwy opcji, ponieważ różnią się one w zależności od wersji Bio-Formats.

Korzystanie z Fiji

W Fiji zainstaluj lub zaktualizuj Bio-Formats, otwórz plik za pomocą File → Open, wybierz plik SVS i zezwól Bio-Formats Importer na otwarcie serii. W przypadku bardzo dużych preparatów wybierz żądaną serię w pełnej rozdzielczości zamiast serii etykiety lub makro. Eksportuj za pomocą polecenia eksportu Bio-Formats lub TIFF dostępnego w danej instalacji Fiji, wybierz OME-TIFF, jeśli jest oferowany, oraz włącz wyjście kafelkowe lub piramidalne, gdy eksporter udostępnia takie opcje.

Fiji może wymagać znacznej ilości pamięci podczas otwierania lub eksportowania całego preparatu. Konwersja z użyciem wiersza poleceń Bio-Formats jest zwykle lepszym rozwiązaniem w przypadku bardzo dużych plików SVS, ponieważ pozwala uniknąć wczytywania całego obrazu do widoku Fiji.

Konwersja bez zainstalowanego oprogramowania

Możesz bezpłatnie przekonwertować plik w serwisie 101convert.com bez instalowania oprogramowania. Prześlij plik SVS, wybierz OME.TIFF jako format wyjściowy, rozpocznij konwersję i pobierz wynik. Nie używaj tej metody w przypadku preparatów zawierających informacje umożliwiające identyfikację pacjenta, chyba że serwis i warunki przetwarzania danych spełniają wymagania Twojej organizacji.

Jakość, zgodność i ograniczenia

• Konwersja nie może przywrócić szczegółów utraconych podczas pierwotnej kompresji SVS. Jeśli źródło używa kafelków skompresowanych za pomocą JPEG, eksport z użyciem LZW zapobiega dalszej kompresji stratnej, ale nie sprawia, że źródło staje się bezstratne.
• Metadane SVS nie odwzorowują się idealnie na OME-XML. Pola specyficzne dla skanera, adnotacje, informacje o ostrości, obrazy makro i zastrzeżone znaczniki mogą zostać pominięte lub przedstawione w inny sposób.
• Sprawdź, czy wynik zawiera obraz tkanki, poziomy piramidy oraz wymagane serie etykiet lub makro. Niektóre aplikacje automatycznie wybierają pierwszą serię i mogą wyświetlić powiązany obraz zamiast głównego preparatu.
• Pliki OME-TIFF mogą być bardzo duże. Upewnij się, że docelowy system plików obsługuje duże pliki i ma wystarczającą ilość wolnego miejsca na obraz w pełnej rozdzielczości oraz poziomy piramidy; w przypadku wyników przekraczających limit rozmiaru klasycznego TIFF może być wymagany BigTIFF.
• Zweryfikuj wynik w aplikacji, która będzie go używać. Przed usunięciem oryginalnego pliku SVS sprawdź wymiary pikseli, rozdzielczość fizyczną, liczbę kanałów, orientację preparatu, nawigację po piramidzie oraz wszystkie wymagane adnotacje.