Konwertuj SDF na XLS

Laboratoria często potrzebują rekordów związków w formacie .xls, ponieważ starszy system LIMS, szablon raportu lub klient akceptuje wyłącznie skoroszyty Excel 97–2003. Przydatnym wynikiem jest zazwyczaj arkusz właściwości i identyfikatorów SDF, a nie chemicznie edytowalny zamiennik pliku źródłowego.

Co może zawierać plik SDF

.sdf jest niejednoznaczny. Najczęściej oznacza Structure Data File — format chemiczny oparty na MDL Molfile, używany przez chemików, dostawców związków, bazy danych do screeningu, ChemDraw, oprogramowanie BIOVIA, narzędzia ChemAxon, DataWarrior, Open Babel oraz procesy robocze RDKit.

Chemiczny plik SDF jest zwykłym tekstem zawierającym jeden lub więcej rekordów cząsteczek. Każdy rekord może zawierać tabelę połączeń molekularnych, współrzędne, tytuł oraz nazwane tagi SD, takie jak CAS_NUMBER, IC50 lub Supplier; rekordy zwykle kończą się ciągiem $$$$. Bloki cząsteczek mogą używać składni V2000 lub V3000.

Plik .sdf może być również binarną bazą danych Microsoft SQL Server Compact. SQL Server Compact to nie SQL Server, a jego plik bazy danych należy odpytywać i eksportować za pomocą oprogramowania zgodnego z SQL Server Compact, zamiast otwierać go narzędziami do formatów chemicznych.

Co zapewnia format XLS

.xls to binarny format skoroszytów Excel 97–2003. W przeciwieństwie do CSV może zachowywać arkusze, podstawowe formuły, formatowanie komórek i wiele tabel, co jest przydatne, gdy odbiorca wymaga starszego skoroszytu Excel.

Używaj XLS tylko wtedy, gdy jest to wymagane. Format ten jest ograniczony do 65 536 wierszy i 256 kolumn w jednym arkuszu. .xlsx obsługuje znacznie większe arkusze i jest lepszym ustawieniem domyślnym dla współczesnych systemów zgodnych z Excel.

Konwertowanie chemicznego pliku SDF

1. Otwórz plik SDF w aplikacji komputerowej obsługującej chemię, takiej jak DataWarrior. Użyj File → Open, a następnie sprawdź, czy aplikacja rozpoznaje rekordy cząsteczek i udostępnia tagi SD jako kolumny danych.
2. Sprawdź nazwy pól, brakujące wartości, jednostki i wielowierszowe wartości tagów. Zachowaj identyfikator struktury, a gdy odbiorca potrzebuje struktur w formacie czytelnym maszynowo, dodaj przed eksportem kolumnę SMILES lub InChI.
3. Wyeksportuj tabelę jako tekst rozdzielany tabulatorami lub CSV za pomocą funkcji File → Save As albo polecenia eksportu w DataWarrior. Nie polegaj na ogólnym konwerterze dokumentów przy interpretowaniu rekordów molekularnych i tagów SD.
4. Otwórz plik tekstowy w Microsoft Excel lub LibreOffice Calc. W oknie dialogowym importu wybierz właściwy separator i jawnie ustaw numery CAS, numery katalogowe, kody z zerami wiodącymi oraz długie identyfikatory liczbowe jako Text.
5. Użyj funkcji File → Save As i wybierz Excel 97–2003 (.xls). Przed rozpowszechnieniem skoroszytu sprawdź ostrzeżenie dotyczące zgodności, wymiary arkusza oraz próbkę zaimportowanych wartości.

W przypadku powtarzalnego przetwarzania użyj RDKit lub innego zestawu narzędzi chemicznych do wyodrębnienia wybranych tagów SD i wygenerowania pliku CSV z kolumną SMILES, a następnie przekonwertuj ten plik CSV w Excel lub LibreOffice. Open Babel może również analizować i przekształcać pliki SDF, ale sprawdź wygenerowane kolumny względem źródła, ponieważ dostępne właściwości i dane opisowe zależą od wybranego formatu i opcji.

W przypadku niepoufnych, już tabelarycznych plików CSV można użyć CloudConvert do utworzenia skoroszytu XLS po lokalnym wyodrębnieniu danych z SDF. Nie należy traktować go jako analizatora SDF obsługującego chemię, a zastrzeżonych struktur, danych z testów i danych dostawców nie należy przesyłać, chyba że organizacja zezwala na taki transfer.

Eksportowanie bazy danych SQL Server Compact SDF

Otwórz bazę danych SDF za pomocą SQL Server Compact Toolbox lub innego narzędzia korzystającego ze zgodnego dostawcy SQL Server Compact. Jeśli plik jest zaszyfrowany, podaj hasło do bazy danych, wykonaj zapytanie dotyczące wymaganych tabel i kolumn, a następnie wyeksportuj wynik jako CSV. Zaimportuj ten plik CSV do Excel lub LibreOffice Calc i zapisz go jako .xls.

SQL Server Compact jest wycofanym produktem firmy Microsoft, dlatego współczesna aplikacja bazodanowa może nie otworzyć pliku bez odpowiedniego starszego dostawcy. Bazy danych SDF nie można poprawnie konwertować za pomocą DataWarrior, RDKit ani Open Babel.

Kontrole zgodności

XLS nie przechowuje natywnie edytowalnej tabeli połączeń SDF. Zachowaj oryginalny plik SDF do wymiany chemicznej i archiwizacji; umieszczaj SMILES, InChI lub tekst molfile w komórkach arkusza tylko wtedy, gdy oprogramowanie docelowe potrzebuje struktury czytelnej maszynowo. Obrazy wyrenderowanych struktur nadają się do przeglądu, ale nie są danymi chemicznymi.

Excel może automatycznie zmieniać wartości przypominające daty lub zapis naukowy. Ustawienia importu tekstu zapobiegają stratom, takim jak zmiana 001234 na 1234 oraz zaokrąglanie długich identyfikatorów liczbowych. Sprawdź również wielowierszowe tagi SD i tekst przekraczający limit 32 767 znaków w komórce Excel, który może wymagać skrócenia, podzielenia lub zachowania w oryginalnym pliku SDF.