Darmowy konwerter online CZI do PNG

Zespoły zajmujące się mikroskopią tworzą kopie PNG, gdy raporty, oprogramowanie do tworzenia prezentacji, systemy internetowe lub współpracownicy potrzebują standardowego obrazu zamiast kontenera danych ZEISS. PNG jest zwykle wyrenderowanym widokiem 2D, dlatego oryginalny plik CZI powinien pozostać dostępny do analizy i ponownego przetwarzania.

Czym jest format CZI

CZI to zastrzeżony format kontenera mikroskopowego używany przez oprogramowanie ZEISS ZEN i systemy obrazowania ZEISS. Plik .czi może zawierać kilka scen, kanały fluorescencyjne, przekroje Z, punkty czasowe, skany kafelkowe, poziomy piramidy, pozycje stolika, dane kalibracyjne, ustawienia obiektywu oraz metadane akwizycji.

Pliki CZI są powszechnie używane w mikroskopii konfokalnej, skanowaniu preparatów, obrazowaniu tkanek, obrazowaniu komórek oraz eksperymentach poklatkowych. ZEISS ZEN odczytuje CZI bezpośrednio, natomiast Fiji/ImageJ może je odczytywać za pomocą importera Bio-Formats.

Czym jest format PNG

PNG to format rastrowy obrazu z kompresją bezstratną, obsługiwany przez przeglądarki, oprogramowanie biurowe, systemy operacyjne i edytory obrazów. Nadaje się do pojedynczej płaszczyzny, wyrenderowanej kompozycji kanałów, opisanego rysunku lub obrazu poglądowego, ponieważ pozwala uniknąć artefaktów kompresji JPEG.

PNG przechowuje całkowitoliczbowe piksele w skali szarości, RGB lub RGBA, w tym próbki 8-bitowe i 16-bitowe zgodnie ze specyfikacją formatu. Nie może przechowywać stosu kanałów, wymiaru Z, wymiaru czasu, układu kafelków, kalibracji ani metadanych akwizycji pliku CZI jako równoważnego zbioru danych mikroskopowych. PNG nie obsługuje próbek pikseli zmiennoprzecinkowych.

Konwertowanie pliku CZI do PNG

Aby szybko wyeksportować plik, prześlij plik .czi do konwertera na stronie 101convert.com, wybierz PNG i pobierz wynik. Jest to odpowiednie rozwiązanie dla prostego obrazu 2D lub podglądu, ale dokładnie sprawdź dane wyjściowe: wielowymiarowy plik CZI może wymagać wyboru sceny, kanału, płaszczyzny Z, punktu czasowego lub wyrenderowanej kompozycji, czego automatyczna konwersja może nie być w stanie określić.

Nie przesyłaj danych pacjentów, nieopublikowanych wyników ani ograniczonych danych mikroskopowych, chyba że zewnętrzne przesyłanie jest dozwolone przez odpowiednią politykę instytucji.

Eksport za pomocą ZEISS ZEN

1. Otwórz plik CZI w ZEISS ZEN.
2. Wybierz wymaganą scenę, kanał lub kompozycję kanałów, płaszczyznę Z, punkt czasowy i obszar.
3. Ustaw kolory kanałów i zakresy wyświetlania tylko wtedy, gdy eksportujesz obraz do prezentacji lub publikacji.
4. Użyj polecenia eksportu właściwego dla danej wersji, zazwyczaj dostępnego w menu File → Export lub w menu kontekstowym obrazu, i wybierz PNG.
5. Wybierz rozmiar obrazu wyjściowego i głębię bitową, jeśli są dostępne, a następnie porównaj wyeksportowany plik z wybranym widokiem.

ZEN jest najbezpieczniejszą opcją w przypadku plików zawierających układy scen charakterystyczne dla ZEISS, skany kafelkowe lub ustawienia wyświetlania, ponieważ interpretuje akwizycję w jej natywnym środowisku. Nazwy menu i dostępne elementy sterujące eksportem różnią się w zależności od wersji ZEN i licencjonowanego modułu.

Eksport za pomocą Fiji i Bio-Formats

1. Zainstaluj Fiji, które zawiera Bio-Formats.
2. Otwórz Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer, wybierz plik CZI i wybierz wymaganą serię. Seria często reprezentuje jedną scenę, pozycję lub obszar akwizycji.
3. Wybierz wymagany kanał, przekrój Z i punkt czasowy za pomocą elementów sterujących hyperstack.
4. W przypadku oddzielnych danych kanałów użyj Image → Color → Split Channels i wyeksportuj każdą wymaganą płaszczyznę. W przypadku kompozycji wyświetlania skonfiguruj kanały, a następnie użyj Image → Type → RGB Color przed zapisaniem.
5. Zapisz wybrany obraz za pomocą File → Save As → PNG, używając nazw takich jak sample_c1_z005_t012.png.

Standardowy plik PNG przedstawia jeden obraz rastrowy, a nie stos Z ani serię czasową. Eksportuj płaszczyzny jako ponumerowane pliki lub użyj File → Export → Image Sequence, gdy dla wielu płaszczyzn wymagane są oddzielne pliki PNG.

Bio-Formats zawiera również narzędzie bfconvert do zautomatyzowanych procesów. Użyj polecenia bfconvert -help, aby wyświetlić opcje serii, płaszczyzny i wzorca nazw plików dostępne w zainstalowanej wersji, a przed konwersją wsadową przetestuj jeden reprezentatywny plik CZI.

Uwagi dotyczące jakości i zgodności

Bezstratna kompresja PNG nie oznacza, że eksport jest bezstratny. Kadrowanie, zmiana rozdzielczości, mieszanie kanałów, renderowanie kolorów, zmiany kontrastu oraz konwersja źródłowych danych 16-bitowych lub zmiennoprzecinkowych mogą usunąć lub zmienić informacje, zanim nastąpi kompresja PNG.

Wyświetlana kompozycja fluorescencyjna jest zwykle renderowana jako 8-bitowy obraz RGB. Jej wartości pikseli odzwierciedlają wybrane LUT, zakres wyświetlania, współczynnik gamma i mieszanie kanałów, a nie oryginalne wartości intensywności. Do celów ilościowych zachowaj plik CZI i wyeksportuj poszczególne kanały źródłowe z dostępną dla nich precyzją; potwierdź wynikową głębię bitową w oprogramowaniu odbierającym, ponieważ wiele przeglądarek ogólnego przeznaczenia niezawodnie wyświetla tylko obrazy 8-bitowe.

PNG nie zachowuje rozmiaru wokseli, skali, nazw kanałów, znaczników czasu, szczegółów obiektywu, współrzędnych stolika ani odstępów Z. Pasek skali dodawaj tylko do kopii przeznaczonej do prezentacji, a informacje o kalibracji i ustawieniach wyświetlania zapisuj oddzielnie.

Skany całych preparatów i zszyte mozaiki mogą być zbyt duże dla popularnych przeglądarek PNG lub wymagać znacznej ilości pamięci podczas eksportu. Zamiast tego wyeksportuj obszar zainteresowania, pomniejszony obraz poglądowy lub oddzielne kafelki. Użyj OME-TIFF lub innego formatu przystosowanego do mikroskopii, gdy plik wymiany musi zachować wielowymiarowe dane obrazu i metadane.