Darmowy konwerter online NDPI do PNG

Pliki NDPI to obrazy mikroskopowe całych preparatów, natomiast format PNG jest obsługiwany przez zwykłe edytory obrazów, przeglądarki i oprogramowanie do prezentacji. Konwersja jest przydatna, gdy trzeba udostępnić obraz preparatu, opisać wybrany obszar lub użyć danych mikroskopowych w oprogramowaniu, które nie potrafi odczytać formatu firmy Hamamatsu.

Czym jest format NDPI

NDPI to format cyfrowej patologii firmy Hamamatsu, przeznaczony dla zeskanowanych preparatów mikroskopowych tworzonych przez systemy NanoZoomer. Zwykle zawiera bardzo dużą, wielorozdzielczą piramidę obrazu, a także może przechowywać wiele płaszczyzn ogniskowania, obrazy etykiet i metadane preparatu.

Pliki NDPI można najczęściej spotkać w laboratoriach patologii, ośrodkach badań medycznych, uniwersyteckich pracowniach obrazowania oraz w zbiorach danych eksportowanych ze skanerów Hamamatsu NanoZoomer. Ponieważ preparat może zawierać miliardy pikseli, plik NDPI jest znacznie większy i bardziej złożony niż zwykła fotografia. Obsługa różni się w zależności od aplikacji; QuPath, Fiji z Bio-Formats oraz oprogramowanie oparte na OpenSlide potrafią odczytywać wiele plików NDPI.

Czym jest format PNG

PNG to bezstratny rastrowy format obrazu obsługiwany przez przeglądarki internetowe, edytory obrazów, oprogramowanie biurowe i większość systemów operacyjnych. Zachowuje dokładne wartości pikseli podczas kodowania i obsługuje przezroczystość, ale nie zachowuje piramidy preparatu NDPI, danych o płaszczyznach ogniskowania, adnotacji ani metadanych skanera w powszechnie użytecznej formie.

PNG nadaje się do ilustracji, zrzutów ekranu, opisanych obszarów tkanek, raportów i wyświetlania w internecie. Zwykle nie nadaje się jako zamiennik archiwum oryginalnego preparatu, ponieważ eksport całego preparatu w pełnej rozdzielczości może mieć ogromny rozmiar.

Jak faktycznie przekonwertować NDPI do PNG

Korzystanie z 101convert.com

1. Otwórz konwerter NDPI do PNG na stronie 101convert.com; z usługi można korzystać bezpłatnie, bez instalowania oprogramowania.
2. Prześlij plik .ndpi i wybierz PNG jako format wyjściowy.
3. Rozpocznij konwersję i pobierz wynikowy plik .png po zakończeniu przetwarzania.

W przypadku bardzo dużych preparatów limity przesyłania, czas przetwarzania i wymiary obrazu wyjściowego mogą uniemożliwić pełną konwersję w pełnej rozdzielczości. Eksport wybranego obszaru za pomocą komputerowego oprogramowania do patologii jest zwykle bardziej praktyczny.

Korzystanie z QuPath

1. Zainstaluj QuPath i otwórz plik NDPI za pomocą File → Open. QuPath korzysta z obsługi Bio-Formats lub OpenSlide, zależnie od pliku i konfiguracji.
2. Ustaw widok obrazu na wymaganą skalę powiększenia. Aby wyeksportować cały preparat, użyj funkcji eksportu obrazu; w przypadku fragmentu tkanki najpierw zdefiniuj prostokątny obszar lub adnotację.
3. Wybierz File → Export image lub odpowiednie polecenie eksportu w używanej wersji QuPath, wybierz PNG i ustaw rozdzielczość wyjściową lub współczynnik zmniejszenia próbkowania.
4. Wyeksportuj obraz. Jeśli wybrany obszar przekracza limity PNG lub pamięci, wyeksportuj kilka kafelków zamiast jednego ogromnego pliku.

Korzystanie z Fiji i Bio-Formats

1. Zainstaluj Fiji, które zawiera importer Bio-Formats.
2. Otwórz plik za pomocą File → Open lub użyj Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer.
3. W importerze wybierz wymaganą serię, poziom rozdzielczości i obszar. Unikaj otwierania całego preparatu w natywnej rozdzielczości, chyba że komputer ma wystarczającą ilość pamięci i miejsca na dysku.
4. Zapisz wyświetlany lub zaznaczony obraz za pomocą File → Save As → PNG.

Jakość, zgodność i ograniczenia

Kompresja PNG jest bezstratna, ale konwersja nie może przywrócić szczegółów utraconych wskutek wybrania niższego poziomu piramidy lub zmniejszenia próbkowania. Jeśli plik PNG będzie używany do pomiarów lub publikacji, zapisz rozmiar eksportowanego obrazu w pikselach, skalę powiększenia i współrzędne obszaru.

Plik PNG całego preparatu może przekraczać typowe limity wymiarów obrazu lub pamięci. QuPath lub Fiji mogą bardziej niezawodnie eksportować zmniejszony podgląd albo osobne kafelki niż pojedynczy obraz w natywnej rozdzielczości. Zachowaj oryginalny plik NDPI do celów diagnostycznych, ilościowych lub archiwizacyjnych, ponieważ PNG zwykle pomija piramidę obrazu NDPI, metadane skanera, warstwy ogniskowania i strukturę charakterystyczną dla patologii.

Pliki NDPI mogą zawierać informacje o pacjencie lub próbce w metadanych albo nazwach plików. Przed udostępnieniem wyeksportowanych obrazów usuń dane umożliwiające identyfikację i po konwersji sprawdź plik PNG przy powiększeniu 100%, aby zweryfikować przycięcie, orientację, kolor oraz wybraną rozdzielczość.