Darmowy konwerter online NDPI do TIFF

Pliki NDPI to obrazy całych preparatów wytwarzane przez skanery Hamamatsu NanoZoomer, ale wiele edytorów obrazów, systemów laboratoryjnych i procedur archiwizacji wymaga formatu TIFF. Konwersja do TIFF ułatwia otwieranie, przetwarzanie i udostępnianie obrazu, chociaż preparat w pełnej rozdzielczości może wymagać formatu BigTIFF i znacznej ilości miejsca.

Czym jest format NDPI

NDPI to zastrzeżony format obrazów całych preparatów firmy Hamamatsu. Skanery NanoZoomer przechowują preparaty mikroskopowe jako bardzo duże obrazy o wielu poziomach rozdzielczości, wraz z powiązanymi metadanymi, miniaturami, a czasami także obrazami etykiet. Pliki NDPI można napotkać podczas otrzymywania skanów z zakresu patologii cyfrowej lub eksportowania preparatów z Hamamatsu NDP.view2.

Wewnętrznie NDPI przypomina TIFF, ale zwykłe oprogramowanie TIFF może nie rozpoznawać jego zastrzeżonej struktury. OpenSlide, Fiji z Bio-Formats, QuPath oraz oprogramowanie Hamamatsu potrafią odczytywać wiele wariantów NDPI. Obsługa zależy od generacji skanera, kompresji i zawartości pliku.

Czym jest format TIFF

TIFF to szeroko obsługiwany format obrazów rastrowych używany w mikroskopii, skanowaniu, publikowaniu, analizie obrazów i procedurach archiwizacji. Obsługuje bezstratną kompresję, taką jak LZW, Deflate i Zstandard, przechowywanie kafelkowe, wiele stron, metadane oraz rozszerzenie BigTIFF dla plików większych niż 4 GB.

TIFF jest przydatny, gdy aplikacja docelowa nie może otworzyć NDPI lub gdy obraz musi być przetwarzany w oprogramowaniu takim jak ImageJ, Photoshop albo laboratoryjny system analityczny. Eksport do konwencjonalnego TIFF często obejmuje pojedynczą wybraną rozdzielczość lub region, a nie kompletną strukturę preparatu o wielu poziomach rozdzielczości zawartą w pliku NDPI.

Jak faktycznie przekonwertować NDPI do TIFF

Korzystanie z 101convert online

Plik można bezpłatnie przekonwertować w witrynie 101convert.com bez instalowania oprogramowania. Prześlij plik NDPI, wybierz TIFF jako format wyjściowy, rozpocznij konwersję i pobierz wynik. Jest to odpowiednie w przypadku plików akceptowanych przez usługę; bardzo duże obrazy całych preparatów mogą przekraczać limity przesyłania, przetwarzania lub pliku wyjściowego, a preparaty zawierające dane wrażliwe pacjentów należy przesyłać wyłącznie tam, gdzie dostępne są wymagane mechanizmy ochrony prywatności.

Korzystanie z Fiji i Bio-Formats

1. Zainstaluj Fiji, które zawiera ImageJ, a następnie dodaj lub zaktualizuj wtyczkę Bio-Formats za pomocą Help → Update.
2. Otwórz plik za pomocą File → Open lub Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer.
3. W oknie dialogowym importera wybierz wymagany poziom rozdzielczości i unikaj otwierania poziomu w pełnej rozdzielczości, jeśli komputer nie ma wystarczającej ilości pamięci RAM.
4. Zapisz otwarty obraz za pomocą File → Save As → TIFF.

Fiji eksportuje wybraną płaszczyznę obrazu lub poziom rozdzielczości. Może nie zachować piramidy NDPI, adnotacji skanera ani wszystkich zastrzeżonych metadanych. Aby uzyskać plik o rozsądnym rozmiarze, wybierz serię o niższej rozdzielczości lub wyeksportuj tylko region potrzebny do analizy.

Korzystanie z OpenSlide i Python

OpenSlide odczytuje poziomy rozdzielczości w preparacie NDPI. Poniższy przykład eksportuje jeden kompletny poziom rozdzielczości jako TIFF RGB:

pip install openslide-python tifffile numpy

from openslide import OpenSlide
import numpy as np
import tifffile

slide = OpenSlide('sample.ndpi')
level = 2
width, height = slide.level_dimensions[level]
image = slide.read_region((0, 0), level, (width, height)).convert('RGB')
tifffile.imwrite('sample_level2.tif', np.asarray(image), photometric='rgb', compression='zlib')
slide.close()

Zmień wartość level, aby wybrać inny poziom piramidy; poziom 0 oznacza najwyższą dostępną rozdzielczość. Wybrany poziom jest ładowany do pamięci jako jedna tablica, dlatego eksport preparatu w pełnej rozdzielczości może wyczerpać pamięć RAM. W przypadku dużych preparatów przetwarzaj prostokątne regiony w kafelkach lub eksportuj niższy poziom. Jeśli plik wyjściowy przekracza 4 GB, użyj formatu BigTIFF, jeśli obsługuje go aplikacja docelowa, na przykład dodając bigtiff=True do tifffile.imwrite.

Jakość, zgodność i ograniczenia

• Konwersja nie poprawia obrazu źródłowego. Jeśli NDPI zawiera dane skanera skompresowane za pomocą JPEG, eksport do TIFF nie może przywrócić szczegółów utraconych podczas skanowania.
• Eksport do TIFF może pomijać piramidę rozdzielczości NDPI, dane dotyczące ostrości, kalibrację skanera, adnotacje, obrazy makro i zastrzeżone metadane. Zachowaj oryginalny plik NDPI jako kopię archiwalną.
• Jeśli wymagane są dalsze analizy, używaj bezstratnej kompresji TIFF, takiej jak Deflate lub LZW. Unikaj kompresji JPEG TIFF w przypadku pomiarów lub wielokrotnej edycji.
• Pliki TIFF całych preparatów mogą mieć w pełnej rozdzielczości dziesiątki lub setki gigabajtów. Kafelkowany BigTIFF lub OME-TIFF jest zazwyczaj bardziej praktyczny niż pojedynczy TIFF bez kafelków, ale zgodność różni się w zależności od aplikacji.
• Po konwersji sprawdź wymiary w pikselach, kalibrację mikrometrów na piksel, profil kolorów i orientację; wartości te mogą nie zostać przeniesione automatycznie.