Konwertuj NBIB na BIB

PubMed eksportuje wybrane rekordy jako .nbib, podczas gdy LaTeX, Overleaf i wiele menedżerów bibliografii korzysta z baz danych BibTeX .bib. Konwersja rekordów sprawia, że można je edytować i używać w procesach cytowania BibTeX lub biblatex.

Czym jest format NBIB

NBIB to oznaczony tagami format cytowań PubMed, nazywany również formatem MEDLINE lub PubMed text format. Jest to format rekordów w postaci zwykłego tekstu z opisanymi polami, takimi jak PMID-, TI -, AU -, JT -, DP -, VI -, IP -, PG - i LID - dla identyfikatorów takich jak DOI.

PubMed tworzy plik NBIB po wybraniu rekordów i opcji Send to → Citation manager → Create file. Użytkownicy NCBI, biblioteki oraz aplikacje takie jak Zotero i EndNote używają tego formatu do wymiany metadanych bibliograficznych. Plik NBIB można otworzyć jako zwykły tekst, ale jego oznaczone tagami wiersze nie są bezpośrednio poprawnym formatem BibTeX.

Czym jest format BIB

Plik .bib jest zwykle bazą danych BibTeX lub BibLaTeX zawierającą wpisy takie jak @article{smith2024, ...}. Mogą go odczytywać BibTeX, BibLaTeX z Biber, JabRef, Zotero, Overleaf i wiele edytorów LaTeX.

BibTeX przechowuje uporządkowane pola zawierające autorów, tytuł, czasopismo, rok, tom, strony, DOI, URL, abstrakt i klucz cytowania. Format zwykłego tekstu można przeszukiwać, edytować i przenosić, a ponadto jest on niezależny od dokumentu, w którym znajdują się cytowania. Konwersja może zachować metadane, ale nie może dodać brakującego pełnego tekstu artykułu ani załącznika.

Konwersja za pomocą Zotero

1. Zainstaluj Zotero dla Windows, macOS lub Linux z oficjalnej strony Zotero.
2. Otwórz File → Import, wybierz plik NBIB i wybierz opcję importu MEDLINE lub PubMed, jeśli Zotero poprosi o wskazanie formatu. Użyj opcji All files w oknie wyboru pliku, jeśli rozszerzenie .nbib jest ukryte.
3. Sprawdź zaimportowane rekordy, zwłaszcza nazwiska autorów, tytuły, daty publikacji, zakresy stron, PMID i DOI.
4. Wybierz wymagane elementy lub kolekcję, a następnie wybierz File → Export Library albo kliknij wybór prawym przyciskiem myszy i wybierz Export Items.
5. Wybierz BibTeX lub BibLaTeX, zaznacz wymagane przez proces opcje notatek lub plików i zapisz eksport z rozszerzeniem .bib.

Zotero jest zwykle najprostszą lokalną metodą, ponieważ przed eksportem analizuje oznaczone tagami pola PubMed. W przypadku brakujących metadanych użyj funkcji Zotero Add Item by Identifier z identyfikatorem PMID lub DOI, a następnie przed eksportem porównaj zastępczy rekord ze źródłem PubMed. Rozszerzenie Better BibTeX dodaje konfigurowalne, powtarzalne klucze cytowań i automatyczny eksport, ale jest opcjonalne.

Używanie Bibutils do konwersji wsadowej

Bibutils nadaje się do skryptowanej lub przeprowadzanej na dużą skalę konwersji lokalnej. Jego etapy MEDLINE-to-XML i XML-to-BibTeX można wykorzystać w potoku:

med2xml references.nbib | xml2bib > references.bib

Zainstaluj Bibutils za pomocą menedżera pakietów systemu operacyjnego lub z jego oficjalnej dystrybucji. Użyj polecenia med2xml --help, jeśli zainstalowana wersja wymaga jawnego określenia argumentów wejścia i wyjścia. Bibutils może mapować mniej pól charakterystycznych dla PubMed niż Zotero, dlatego przed użyciem wpisów sprawdź wygenerowane rekordy.

Opcje online dla małych, niewrażliwych zbiorów

W przypadku niewielkiej listy odniesień ZoteroBib lub internetowe narzędzie Paperpile PMID-to-BibTeX mogą wyszukiwać PMID i tworzyć BibTeX bez konieczności korzystania z lokalnej aplikacji. Usługi te zazwyczaj przyjmują PMID lub identyfikatory zamiast konwertować przesłany plik NBIB; wklej identyfikatory, wyeksportuj BibTeX i zweryfikuj wyniki. Nie przesyłaj prywatnych, nieopublikowanych ani poufnych bibliografii, jeśli możliwa jest konwersja lokalna.

Sprawdzanie wyeksportowanych rekordów

• W niektórych rekordach NBIB brakuje DOI, numeru wydania, stron, abstraktu lub pełnych informacji o dacie publikacji. Wyszukiwanie DOI lub PMID może uzupełnić braki, ale pobrane metadane nadal należy porównać z rekordem źródłowym.
• Formatowanie autorów przez PubMed może po konwersji powodować nieprawidłowe rozpoznawanie autorów osobowych lub instytucjonalnych. Umieść autora instytucjonalnego w dodatkowych nawiasach klamrowych, na przykład author = {{World Health Organization}}, i sprawdź nazwisko, inicjały oraz kolejność autorów.
• Zabezpiecz wielkość liter, która musi pozostać niezmieniona, na przykład w symbolach genów, akronimach i nazwach własnych, za pomocą nawiasów klamrowych BibTeX: title = {Effects of {DNA} repair}.
• Znaki Unicode, półpauzy, podtytuły, nazwy ze znakami diakrytycznymi i pisma niełacińskie mogą wymagać obsługi UTF-8 w silniku LaTeX, procesorze bibliografii i edytorze. Użyj pdflatex z odpowiednimi ustawieniami kodowania albo silnika Unicode, takiego jak XeLaTeX lub LuaLaTeX.
• Różne programy eksportujące generują różne klucze cytowań. Zmiana klucza po wstawieniu cytowań może uszkodzić odwołania w istniejących plikach LaTeX; użyj stabilnych kluczy przed rozpoczęciem tworzenia cytowań.
• W miarę możliwości zachowaj PMID lub DOI w wyeksportowanym wpisie. Identyfikatory te zapewniają niezawodny sposób późniejszego odnalezienia i poprawienia rekordu.