Konwertuj NBIB na BIBTEX

Edytory LaTeX, projekty Overleaf oraz niektóre procesy przesyłania artykułów do czasopism wymagają bazy danych BibTeX zamiast pobranego z PubMed pliku .nbib. Konwersja rekordów tworzy edytowalny plik .bib do cytowań, zachowując dostępne metadane publikacji.

Czym jest format NBIB

NBIB to format cytowań z tagami używany przez PubMed, oparty na strukturze rekordów MEDLINE. PubMed tworzy go za pomocą Save → Citation manager; pliki zwykle używają rozszerzenia .nbib i zawierają tagi dotyczące PMID, autorów, tytułu, czasopisma, daty publikacji, tomu, numeru, stron, DOI oraz innych danych rekordu.

Menedżery bibliografii używają NBIB przede wszystkim do importowania wyników z PubMed. Jest to zwykły tekst, ale jego tagi pól i struktura rekordów nie mogą być bezpośrednio używane jako baza danych BibTeX.

Czym jest format BibTeX

BibTeX przechowuje odwołania jako wpisy, takie jak @article{key, ...}, w zwykłym pliku tekstowym .bib. LaTeX, Overleaf, JabRef oraz wiele menedżerów bibliografii używa tych wpisów do generowania cytowań i bibliografii.

Typowe typy wpisów obejmują @article, @book i @inproceedings. Każdy wpis ma klucz cytowania używany przez polecenia takie jak \cite{key}. Plik BibTeX jest przenośny i edytowalny, ale wynik konwersji zależy od metadanych zawartych w rekordach NBIB.

Konwersja za pomocą Zotero

1. Zainstaluj Zotero z oficjalnej witryny Zotero i uruchom program.
2. Wybierz File → Import, wybierz opcję importowania pliku i otwórz plik .nbib. Jeśli Zotero poprosi o format, wybierz importer PubMed lub MEDLINE.
3. Sprawdź zaimportowane elementy, w tym nazwiska autorów, tytuły, daty, zakresy stron, tytuły czasopism oraz wartości DOI.
4. Wybierz elementy lub kolekcję, a następnie wybierz File → Export Library albo kliknij wybór prawym przyciskiem myszy i wybierz Export Items.
5. Wybierz BibTeX, ustaw nazwę pliku kończącą się rozszerzeniem .bib i zapisz eksport.

Zotero nadaje się do sporadycznych konwersji, ponieważ umożliwia poprawianie rekordów przed eksportem. Rozszerzenie Better BibTeX for Zotero dodaje konfigurowalne generowanie kluczy cytowania i jest przydatne w przypadku bibliotek, które będą wielokrotnie eksportowane; jest to rozszerzenie firmy zewnętrznej, a nie część podstawowej instalacji Zotero.

Konwersja za pomocą Bibutils

Bibutils jest odpowiedni do powtarzalnego przetwarzania za pomocą wiersza poleceń lub w trybie wsadowym. Jego narzędzie med2xml odczytuje rekordy z tagami w stylu MEDLINE, a xml2bib konwertuje pośredni plik XML MODS do formatu BibTeX.

Uruchom:

med2xml input.nbib > intermediate.xml
xml2bib intermediate.xml > output.bib

Te polecenia działają w powłokach systemów macOS i Linux oraz w Windows PowerShell, gdy Bibutils jest zainstalowany, a jego pliki wykonywalne znajdują się na ścieżce systemowej. W przeciwnym razie podaj pełne ścieżki do plików wykonywalnych. Otwórz output.bib w JabRef, Zotero lub edytorze tekstu i sprawdź rekordy przed użyciem ich w cytowaniach.

Korzystanie z usługi online

Internetowy konwerter PMID-to-BibTeX firmy Paperpile jest przydatny, gdy rekordy są identyfikowane za pomocą identyfikatorów PubMed, a nie wtedy, gdy lokalny plik NBIB musi zostać przekonwertowany w trybie wsadowym. Skopiuj identyfikatory PMID z rekordów NBIB do konwertera, wygeneruj wpisy BibTeX i zapisz wynik jako .bib. Zweryfikuj zwrócone metadane, ponieważ usługa pobiera aktualne rekordy i może wygenerować inne pola niż te znajdujące się w oryginalnym pobranym pliku NBIB.

Usługi online powinny być używane wyłącznie w przypadku niepoufnych odwołań. Ich zasady dotyczące przesyłania, przechowywania i mapowania pól różnią się; w przypadku rekordów nieopublikowanych, objętych ograniczeniami lub wrażliwych pod względem prywatności używaj Zotero albo Bibutils.

Sprawdzenie przekonwertowanej bazy danych

• Brakujące dane: Rekordy NBIB mogą nie zawierać abstraktów, pełnych zakresów stron, informacji o numerze wydania, identyfikatorów ORCID ani wartości DOI. Konwersja nie może odtworzyć pól, których nie było w źródle.
• Nazwiska autorów: PubMed często podaje inicjały zamiast pełnych imion. Sprawdź przyrostki, cząstki nazwisk oraz autorów instytucjonalnych, ponieważ importery mogą interpretować je nieprawidłowo.
• Klucze cytowania: Poszukaj zduplikowanych kluczy, szczególnie wśród artykułów, których pierwszy autor i rok publikacji są takie same. Wygeneruj klucze ponownie lub edytuj je przed kompilacją dokumentu.
• Wielkość liter: Chroń nazwy, akronimy, symbole genów i wzory chemiczne, w których wielkość liter ma znaczenie, za pomocą nawiasów klamrowych, na przykład title = {Effects of {DNA} repair}.
• Znaki specjalne: Po eksporcie skompiluj dokument testowy. Znaki diakrytyczne, ampersandy, znaki procentu, podkreślenia oraz inne znaki wrażliwe na składnię LaTeX mogą wymagać stosowania znaków ucieczki lub odpowiedniej konfiguracji UTF-8.
• Typy wpisów: Typy publikacji PubMed nie zawsze dają się idealnie odwzorować na typy BibTeX. Sprawdź przeglądy, artykuły redakcyjne, listy, wytyczne oraz materiały konferencyjne, zamiast zakładać, że każdy rekord powinien mieć typ @article.