Darmowy konwerter online OIB do TIFF

Czym jest format OIB

OIB oznacza Olympus Image Binary. Jest to zastrzeżony kontener używany przez systemy Olympus do mikroskopii fluorescencyjnej, konfokalnej i innych zastosowań mikroskopowych w celu przechowywania płaszczyzn obrazu, kanałów, stosów z, punktów czasowych, miniaturek i metadanych akwizycji.

Pliki OIB są często tworzone przez Olympus cellSens, Olympus FluoView i powiązane oprogramowanie do obrazowania firmy Olympus. Można się z nimi zetknąć przy odbieraniu danych mikroskopowych z urządzenia Olympus lub eksportowaniu eksperymentu ze stanowiska roboczego Olympus. Plik OIB może zawierać wiele serii obrazów, dlatego nie zawsze jest odpowiednikiem jednego zwykłego obrazu.

Czym jest format TIFF

TIFF to szeroko obsługiwany format obrazów rastrowych używany przez edytory obrazów, oprogramowanie do obrazów naukowych, systemy publikacyjne i procedury archiwizacji. Obsługuje obrazy w skali szarości, RGB oraz obrazy o dużej głębi bitowej i może korzystać z bezstratnej kompresji, takiej jak LZW lub Deflate.

TIFF jest odpowiedni, gdy inna aplikacja nie może otworzyć OIB, gdy konieczna jest edycja poszczególnych płaszczyzn lub gdy potrzebna jest szeroko odczytywalna kopia archiwalna. W przypadku stosów z, serii czasowych i danych wielokanałowych preferowany jest format OME-TIFF, ponieważ przechowuje ustandaryzowane metadane mikroskopowe wraz z danymi obrazu TIFF.

Jak faktycznie przekonwertować OIB do TIFF

Używanie Fiji i Bio-Formats

1. Zainstaluj Fiji, które zazwyczaj zawiera Bio-Formats Importer.
2. Otwórz plik za pomocą File → Open i wybierz sample.oib. Jeśli Fiji zapyta, którą serię otworzyć, wybierz wymaganą serię.
3. W oknie dialogowym importu Bio-Formats zachowaj oryginalną głębię bitową. W przypadku dużych stosów z i serii czasowych użyj hyperstack lub virtual stack; unikaj konwersji do RGB, chyba że wymaga tego aplikacja docelowa.
4. W przypadku jednej płaszczyzny lub prostego obrazu wybierz File → Save As → Tiff i zapisz plik jako sample.tif.
5. W przypadku wielowymiarowego zbioru danych użyj Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Exporter, jeśli jest dostępny, i wybierz OME-TIFF lub inną opcję wyjściową TIFF. Przed eksportem sprawdź, czy uwzględniono kanały, przekroje i klatki.

Używanie wiersza poleceń Bio-Formats

Narzędzie wiersza poleceń Bio-Formats może przekonwertować prosty zbiór danych OIB za pomocą polecenia:

bfconvert sample.oib sample.tif

Użyj opcji wyboru serii, gdy plik OIB zawiera kilka serii, na przykład bfconvert -series 0 sample.oib sample.tif. Eksportuj każdą wymaganą serię osobno, gdy aplikacja docelowa nie może odczytać danych multipage lub OME-TIFF.

Konwersja bez instalowania oprogramowania

Możesz bezpłatnie przekonwertować plik na stronie 101convert.com bez instalowania oprogramowania. Prześlij plik OIB, wybierz TIFF jako format wyjściowy, rozpocznij konwersję i pobierz wynikowy plik. Nie korzystaj z tej metody w przypadku poufnych danych pacjentów, danych klinicznych lub nieopublikowanych danych badawczych, chyba że zasady prywatności i przechowywania danych obowiązujące w serwisie spełniają Twoje wymagania.

Jakość, zgodność i ograniczenia

Konwersja do TIFF nie poprawia danych mikroskopowych; zmienia kontener i może zmienić sposób reprezentacji metadanych oraz wymiarów. Zachowaj oryginalny plik OIB jako plik źródłowy, a następnie sprawdź w pliku TIFF głębię bitową, kolejność kanałów, liczbę przekrojów z, punkty czasowe, informacje o skali i orientację.

Konwencjonalny TIFF może spłaszczyć hyperstack, usunąć metadane akwizycji lub zapisać tylko aktualnie wyświetlaną płaszczyznę. Eksportowanie OME-TIFF za pomocą Bio-Formats jest bezpieczniejsze w przypadku analiz naukowych, ponieważ może zachować strukturę wielowymiarową i ustandaryzowane metadane. Bezstratna kompresja TIFF nie zmniejsza wartości pikseli, natomiast kompresja JPEG może powodować artefakty i należy jej unikać w przypadku ilościowej mikroskopii.