Konwertuj FASTA na AB1

Aplikacja do sekwencjonowania może wymagać chromatogramu .ab1, gdy dostępny jest plik FASTA, lub laboratorium może potrzebować udostępnić oryginalne dane Sanger, a nie tylko jego sekwencję konsensusową. Pliki te nie są równoważne: FASTA zawiera litery, natomiast AB1 może zawierać zmierzone dane elektroferogramu.

Czym jest format FASTA

FASTA to format sekwencji w postaci zwykłego tekstu. Rekord zawiera nagłówek rozpoczynający się od >, po którym następują litery nukleotydów lub aminokwasów, zwykle podzielone na wiele wierszy.

Naukowcy, ośrodki sekwencjonowania, przeglądarki genomów, bazy danych, programy do alignments, narzędzia do projektowania starterów, assemblery i narzędzia wiersza poleceń używają FASTA do wymiany i analizy sekwencji. FASTA zazwyczaj nie zawiera śladów elektroferogramu, intensywności kanałów barwników, pozycji pików, wartości jakości dla poszczególnych zasad, ustawień instrumentu ani metadanych przebiegu.

Czym jest format AB1

AB1, nazywany również ABI lub ABIF, to binarny format chromatogramu powiązany z instrumentami do sekwencjonowania Applied Biosystems oraz kompatybilnym oprogramowaniem do sekwencjonowania Sanger. Plik AB1 może zawierać ślady czterech kanałów barwników, wywołane zasady, wyniki jakości, lokalizacje pików, informacje o próbce i parametry przebiegu; dokładny zestaw rekordów zależy od instrumentu i oprogramowania, które utworzyły plik.

Przeglądarki i edytory chromatogramów, takie jak FinchTV, Chromas, 4Peaks, SnapGene i Geneious Prime, mogą otwierać wiele plików AB1. Mogą wyświetlać separację pików i niejednoznaczne wywołania, umożliwiać edycję sekwencji oraz eksportować konsensus jako FASTA. Zachowaj oryginalny plik AB1, ponieważ wyeksportowany FASTA nie zachowuje zmierzonego śladu.

Dlaczego bezpośrednia konwersja nie działa

Nie istnieje bezstratna konwersja FASTA do AB1. Sekwencja FASTA nie zawiera sygnału eksperymentalnego wymaganego do odtworzenia autentycznego chromatogramu. Oprogramowanie może zapisać plik binarny lub w niektórych wyspecjalizowanych procedurach symulować piki, ale taki syntetyczny plik nie jest dowodem z przebiegu sekwencjonowania i powinien być oznaczony jako symulowany.

Jak postępować z konwersją

1. Najpierw sprawdź oprogramowanie odbiorcy. Użyj File → Open lub File → Import i wybierz plik FASTA, jeśli wystarczy tekst sekwencji. Wiele programów analitycznych obsługuje FASTA bezpośrednio i nie wymaga AB1.
2. Poproś o źródłowy chromatogram. Jeśli FASTA pochodzi z sekwencjonowania Sanger, poproś ośrodek sekwencjonowania o odpowiadające mu pliki .ab1, najlepiej wraz z identyfikatorami próbek i sekwencją konsensusową. Pliki AB1 utworzone przez ośrodek zawierają oryginalny ślad i informacje o wywoływaniu zasad.
3. Sprawdź i edytuj autentyczny plik AB1. Otwórz go w programie FinchTV, Chromas, 4Peaks, SnapGene lub Geneious Prime. Sprawdź końce o niskiej jakości, nakładające się piki, skupiska barwnika i niejednoznaczne pozycje przed wyeksportowaniem edytowanego konsensusu do FASTA.
4. Używaj narzędzi FASTA wyłącznie do operacji na sekwencji. Biopython, EMBOSS i SeqKit mogą analizować, weryfikować, przeformatowywać lub konwertować tekst sekwencji. Na przykład seqkit seq input.fasta > output.fasta ponownie zapisuje plik FASTA; nie tworzy danych śladu AB1.
5. Uzgodnij zamiennik, jeśli źródłowy ślad jest niedostępny. Wyślij plik FASTA lub poproś odbiorcę o zaakceptowanie symulowanego chromatogramu. Nie przedstawiaj symulowanego AB1 jako zmierzonego wyniku sekwencjonowania.

Opcje online i desktopowe

Nie istnieje żaden renomowany konwerter online ogólnego przeznaczenia, który mógłby przekształcić FASTA zawierający wyłącznie sekwencję w autentyczny chromatogram ABI, ponieważ brakującego sygnału nie można odzyskać. Internetowe walidatory FASTA lub narzędzia do przeformatowywania, w tym usługi oparte na EMBOSS lub Galaxy, mogą porządkować i sprawdzać tekst sekwencji, ale nie mogą spełnić wymagania dotyczącego zmierzonych danych AB1.

W przypadku sekwencji poufnych, nieopublikowanych lub związanych z pacjentami używaj oprogramowania lokalnego zamiast przesyłać pliki do niezweryfikowanej witryny konwertującej. Edytor chromatogramów na komputerze jest odpowiedni, gdy istnieje oryginalny plik AB1; nie może go odtworzyć na podstawie konsensusowego FASTA.

Ograniczenia zgodności

AB1 to binarny plik ABIF, a nie sekwencja tekstowa z innym rozszerzeniem. Zmiana nazwy sequence.fasta na sequence.ab1 pozostawia zawartość bez zmian i zwykle powoduje zgłoszenie przez aplikację uszkodzonego lub nieobsługiwanego pliku.

Niektóre programy odczytują tylko określone rekordy ABIF lub obsługują wyświetlanie, ale nie edycję i eksport. Zachowaj oryginalny plik bez zmian, przetestuj wynikowy plik w oprogramowaniu odbiorcy i udostępnij FASTA osobno aplikacjom, które potrzebują wyłącznie wywołanej sekwencji.